进入21世纪，我国农产品市场由卖方市场转向买方市场，并在2001年12月11日我国正式加入世界贸易组织（WTO）后，农业标准化工作中农产品质量安全和分级标准就变得非常重要，因此加强农业标准质量安全的研究是扩大农产品出口的重点工作。为了适应加入WTO的需要，打破技术贸易壁垒的障碍，农业部从2001年开始，在全国范围内组织实施“无公害食品行动计划”，并在北京、天津、上海和深圳四大城市进行试点，取得显著成绩，无公害食品已成为社会关注热点，产品市场占有率不断提高。之后辽宁、黑龙江、湖南、江苏、浙江、南京、山东寿光、山西等全国绝大部分省市相继实施了“农产品质量安全行动计划”，如山西省2001年11月提出了全省农产品质量安全行动计划的指导思想、目标任务和行动计划等。通过加强产地环境、农业投入品、生产过程、包装标识和市场准入等五个方面的管理，以及加强农产品质量安全标准、监督检验标准、质量认证、行政执法、生产技术推广和市场信息等六个体系建设，大力推进无公害食品、绿色食品和有机食品的发展。力争经过8～10年或更短时间的努力，使我国农产品的质量安全水品全面提高，基本满足国内外市场对农产品质量安全的需要，为提高农产品的国际竞争力，促进农业结构的战略性调整和农业的可持续发展作出贡献。

    这一时期，农业标准体系进一步完善，监测体系逐步健全，监督检验依法进行，农业标准化工作取得了较大发展，对农业的全面进步起到了一定的促进作用。

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